Le “procès du siècle”, tel que les journaux l’ont présenté, s’est conclu par la condamnation à la réclusion à perpétuité pour une vingtaine de prévenus, dont plusieurs militaires de haut rang, des journalistes et des hommes politiques de l’opposition kémaliste. Plus de 250 autres personnes ont été condamnées à des peines de prison, tandis que 21 ont été acquittées.

Dans le quotidien pro-gouvernemental Yeni Safak, l’éditorialiste Abdülkadir Selvi se félicite des peines prononcées mais se demande si “le procès Ergenekon est bien fini ?”, et si on doit en rester là. Selvi rappelle en effet qu’en 1997, l’armée avait renversé le gouvernement de coalition mené par le parti Refah, l’ancêtre de l’AKP d’Erdoğan. Et qu’en 2007, l’armée encore elle, avait fait une tentative de “coup d’Etat électronique”, en publiant sur le site de l’Etat-major une mise en garde contre l’élection attendue du candidat de l’AKP, Abdullah Gül, à la présidence de la République :

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Il y a eu chez nous pléthore de coups d'Etats, mais par contre, il n'y avait jamais eu de poursuites contre ces putschs. C'est ce qui a changé aujourd'hui. En effet, la Turquie, victime des coups d'Etat militaires, demande désormais des comptes. Dans ce contexte, le verdict du procès Ergenekon revêt une importance historique particulière. Mais il manque néanmoins des pièces à ce tableau. En effet, dès lors que le général Başbuğ a été condamné à la perpétuité, ne devrait-on pas aussi juger le général Büyükanit, qui a fait rédiger la mise en garde du 27 avril 2007, ainsi que le général Evren [chef de la junte issue du coup d'Etat de 1980] ? Sans parler des coups d'Etat de mai 1960 et de mars 1971. La question n’est pas ici de juger des vieillards ou des morts, mais de punir le fait de réaliser un coup d'Etat.

Sur le site indépendant T24, Aydin Engin explique qu'il y a

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effectivement parmi les suspects jugés au procès Ergenekon des personnes qui, afin de créer les conditions d'un véritable coup d'Etat, avaient organisé des actions légales (par exemple des manifestations appelant l'armée “à faire son devoir”) et illégales (notamment l’assassinat de missionnaires chrétiens à Malatya en avril 2007, les caches d'armes ou encore l’attentat contre le Conseil d'Etat en 2006). Il s'agit évidemment là de crimes graves qui méritaient d'être jugés […], mais il convient aussi de voir l'autre aspect de ce procès. En effet, la Justice turque s'est discréditée dans ce procès par un excès de revanchisme primaire. Ainsi, en même temps qu'étaient jugées des personnes ayant commis des crimes avérés, la procédure contre le réseau Ergenekon a été sérieusement entachée par des procès d'intention, par le procès d'une façon de penser.

Le quotidien kémaliste Cumhuriyet, dont l’un des journalistes, Mustafa Balbay a été condamné à trente-quatre ans et huit mois de prison, considère d'ailleurs que ce procès n’est qu’

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une revanche politique, orchestrée par le gouvernement AKP.

Dans Vatan enfin, l’écrivain et éditorialiste Zülfü Livanelli, ancien détenu politique et exilé dans les années 1970, dénonce également un verdict “qui a frappé bon nombre d'innocents, condamnés sur la base de témoignages anonymes et d'affirmations jamais prouvées”, ce qui “jette une ombre terrible sur le verdict” :

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La justice n’a pas été faite, car des innocents ont été punis à côté des coupables. J’espère que les juges de la Cour de Cassation rétabliront la Justice.